Dès la déclaration de guerre contre les Empires Centraux, la Marine française entre dans la mer Adriatique et cherche l’affrontement avec la marine austro-hongroise qui se réfugie dans les bouches de Cattaro (aujourd’hui Kotor) et reste une menace potentielle. La Marine française reste à monter la garde au Sud de l’Adriatique mais est confrontée à de gros problèmes de logistique car son port d’attache le plus proche est Malte, contrôlé par les alliés britanniques.
La situation s’améliore à l’été 1915 avec l’entrée en guerre des Italiens. Durant l’hiver 1915, la Serbie est envahie par une attaque combinée des troupes allemandes, autrichiennes et bulgares et son armée bat en retraite à travers les montagnes d’Albanie. Une foule de dizaine de milliers de soldats (et civils) affamés campe sur les rivages Albanais et les marines françaises et italiennes se chargent de les évacuer pour les soigner. On trouve pour cela un point de chute, l’île grecque de Corfou, qui est occupée le 11 janvier 1916 sans solliciter l’avis du gouvernement grec forcé de s’incliner devant le fait accompli.
L’île de Corfou devient ainsi une base majeure pour la marine française et le commandant de vaisseau Noël, commandant le CAM de Bizerte, suggère d’y installer un CAM, ce qui est accepté par décision ministérielle du 6 avril 1916. Deux détachements partent de St Raphaël et le centre est officiellement crée le 1er mai 1916, sous les ordres du LV Larrouy. Les appareils qu’il reçoit sont des Donnet Dennaut 160 ch à moteur Canton-Unné, qui se révèlent de mauvaise qualité, et qui plus est, sont pilotés par des pilotes inexpérimentés, ce qui fait que beaucoup s’usent prématurément au point que le CAM n’a plus qu’un seul appareil opérationnel le 17 juin 1916. Huit nouveaux appareils sont livrés le 1er juillet mais le commandant du CAM, le LV Larrouy, est jugé responsable du mauvais état du centre et limogé. Il sera remplacé temporairement par son second, l’enseigne de vaisseau Lorfèvre, puis par le lieutenant de vaisseau de l’Escaille le 24 août 1916.
Avec ces renforts aériens, les vols peuvent reprendre et le CAM peut se concentrer sur sa mission principale qui est la surveillance du barrage d’Otrante. Il s’agit d’un gigantesque filet flottant dressé entre le talon de la botte italienne et l’île de Corfou, garni de mines flottantes et le long duquel patrouillent des chalutiers armés plus d’autres navires plus importants des marines italiennes, françaises et britannique dans le but d’empêcher toute sortie de l’Adriatique des navires et sous-marins Austro-Hongrois. Ce barrage, sans cesse renforcé durant la guerre, n’obtiendra que quelques résultats sans pour autant interdire la circulation des sous-marins ennemis vers la Méditerranée. Sa surveillance est complètée par des patrouilles aériennes exécutées par les Italiens depuis Brindisi à l’ouest, et les Français à l’Est à partir de Corfou. Compte tenu de la position stratégique de l’île, le ministre de la marine souhaite développer au maximum les capacité du CAM qui atteint une dotation théorique de 30 appareils, et en comptera une cinquantaine à la fin de la guerre.
Le 15 septembre 1916 a lieu la première attaque aérienne à laquelle participent les appareils pilotés par les EV1 Albert Duval, Yves Mahéas et le SM Jean Pierre Salaün ayant pour observateurs l’EV1 Raoul Naudin, le SM Edouard Drillet, et le QM Jean Riolfo qui sont tous cités. Comme tous les sous-marins de la première guerre mondiale, celui-ci navigue pour l’essenciel de son temps en surface, et a préféré ne pas entrer en plongée pendant l’attaque pour affronter les hydravions avec ses pièces de DCA… Sous-marin comme hydravions rentrent tous à bon port après cette attaque, mais il en est autrement lors de la seconde rencontre qui a lieu le 16 octobre 1916, où le U-Boot attaqué reste en surface et abat de sa DCA l’hydravion piloté par le SM Drillet et emmenant pour observateur le QM Fernand Lefranc, qui sont tués en s’abattant en mer.
Ce même mois, le CAM de Corfou effectue une couverture aérienne des opérations de débarquement de troupes italiennes dans le port albanais de Santa Quaranta (Sarandë). L’hiver limite quelque peu les vols tandis que sont livrés des Donnet-Dennaut 150 ch hispano plus fiables, puis des Tellier 200 ch hispano au mois de janvier 1917. Le 11 février 1917 a lieu le premier affrontement avec l’aviation maritime austro-hongroise quand les hydravions K 183 (pilote : Konjovic, observateur : Pramer), K172 (Nostiz, Schreinzer), et K177 (Nardelli, Brooser) attaquent le port de San Quaranta où se déroule un nouveau débarquement de troupes italiennes et larguent 160 kg de bombes. Plusieurs hydravions du CAM décollent pour les intercepter mais ne parviennent pas à les retrouver : les appareils austro-hongrois ont poursuivi leur vol pour une reconnaissance sur Corfou où ils se heurtent à un violent tir de DCA, puis rentrent à la base en ayant effectué un parcours de 720 km. Un nouveau sous-marin est rencontré et attaqué quelques jours plus tard le 16 février 1917 et la mauvais météo du mois de mars limite fortement les vols.
Le mois de mai 1917 est riche en action et voit le CAM pleinement reprendre ses activités en réalisant près de 250 traversées de l’Adriatique. Le 9 mai 1917, un sous-marin est attaqué par un hydravion piloté par l’EV1 Georges Bragayrac avec pour l’observateur le QM mécanicien Jean Lamarque. Deux autres attaques de sous-marins sont menées dans le mois pour lesquels plusieurs pilotes sont cités, sans qu’on en connaisse le détail. Le 15 mai 1917, la marine Austro-Hongroise réalise un raid contre le barrage d’Otrante par plusieurs de ses navires dirigés par l’amiral Horty (futur dirigeant de la Hongrie après la guerre) : plusieurs hydravions du CAM attaquent les navires ennemis à la bombe, sans succès. Enfin, le 26 mai 1917, trois hydravions autrichiens, les K154 (Hell, Engel), K152 (Klimburg, Schramek), K153 (Zelzeny, Dörfler), décollent du port de Durazzo pour une mission de reconnaissance sur Corfou. Afin de rester discrêts, ils calculent d’arriver à midi sur l’objectif afin de profiter de la pause repas en vigueur dans les marines de l’entente… Repas ou pas, l’alerte retentit au CAM et 4 hydravions décollent pour tenter de les intercepter. Mais les autrichiens volent à 3200 mètres d’altitude selon un axe Sud-Est. Les K 152 et K 154 restent à tourner au Nord de l’île en attente, tandis que le K 153 part survoler la ville de Corfou prendre des photos. Selon les archives autrichiennes, un hydravion français volant 300 mètres plus bas attaque le K 153 mais visiblement sa mitrailleuse s’enraye – l’autrichien se défend en tirant au pistolet lance-fusée sur son assaillant, qui part se poser dans le port. Puis la DCA navale entre en action et deux chasseurs Nieuport sont vus par l’équipage autrichien décoller de Santa Quaranta sur la côte Albanaise mais se dirigent vers une mauvaise direction. Le K 153 part alors vers le nord rejoindre ses deux équipiers, puis rentrent tous ensemble à Durazzo après un vol ayant duré près de 5 heures et 40 minutes.
Ce raid de l’aviation autrichienne fera prendre conscience de l’absence d’appareils adaptés pour l’interception. Des hydravions Sopwith Baby de chasse seront alors livrés et seront opérationnels au mois d’août 1917, à l’époque où le commandement du centre reviendra au LV Hautefeuille. Dans l’immédiat, les patrouilles continuent et le 29 mai 1917 un sous-marin est aperçu et attaqué à trois reprises. Le lendemain, un sous-marin autrichien coule le navire français Italia après un dur combat et 2 hydravions du CAM participent au sauvetage de son équipage.
Pas moins de 4 attaques de sous-marins sont conduites au moins de juin 1917 par les équipages du CAM où se distingue notamment l’EV1 Bragayrac. C’est durant ce mois que s’installe également à Corfou un centre d’aviation maritime britannique ce qui entraine une nouvelle répartition des zones de patrouille. Le mois de juillet voit les marins français souffrir du paludisme endémique sévissant à l’époque en Grèce. Le 28 juillet 1917, le SM Corret est cité pour avoir attaqué et mis en fuite un hydravion ennemi, permettant à d’autres hydravions d’attaquer un sous-marin. Les archives autrichiennes ne mentionnent qu’une patrouille de reconnaissance de sous-marin conduite le 29 juillet par leurs hydravions L131, L132, et L135.
Trois nouvelles attaques de sous-marins seront conduites jusqu’à la fin de l’année, les 29 et 30 septembre ainsi que le 25 novembre 1917, pendant que sont livrés des hydravions FBA 160 et 150 ch. L’hiver réduit les vols et au début de l’année 1918, comme est constaté que le barrage d’Otrante n’est franchi que de nuit par les sous-marins autrichiens et allemands, les missions des hydravions français s’orientent progressivement vers des escortes de convois navals. Le 20 février 1918 toutefois, un sous-marin ennemi est repéré et attaqué par les hydravions pilotés par l’EV2 Pierre Gourvest, le SM Plau Gélau et le QM Michel Le Bloa qui sont tous cités ainsi que le QM observateur Louis Tilly – le sous-marin paraît touché et est cru coulé bien que les archives allemandes ou autrichiennes n’indiquent aucune perte de sous-marins ce jour-là.
Le CAM de Corfou va ensuite connaître de mars à mai 1918 une activité réduite du fait du mauvais état de son matériel aérien, dont l’entretien est compliqué par la diversité de types d’appareils en service. Néanmoins, si l’on en croit les sources autrichiennes, des appareils français participent au moins à 5 reprises aux raids conduits en avril et mai sur les ports de Durazzo et Kumbor, en compagnie d’appareils italiens et britanniques.
Le 6 juin 1918, deux hydravions de reconnaissance autrichiens, les K169 (Holoubek, Kohlhauser) et K226 (Scheschinger, Riedl) effectuent une reconnaissance sur le barrage d’Otrante et passent par Corfou. L’alerte retentit au CAM et deux hydravions Sopwith de chasse décollent pour les intercepter. Ils ne parviendront pas à atteindre les autrichiens qui volent à 3100 mètres d’altitude et rejoignent leur base sans être inquiétés.
Au mois de septembre 1918 a lieu la dernière attaque du centre contre un sous-marin ennemi, tandis l’épidémie de grippe espagnole touche l’île et que sont livrés des hydravions Tellier Canon de 200 ch. C’est à bord de l’un deux que disparaissent en mer le SM André Boucher (pilote) et le matelot observateur Roger Gérard, qui sont la dernière perte opérationnelle du centre. Au moment de l’armistice, le CAM est maintenu pendant plusieurs mois pour servir de centre de regroupement des autres unités de l’aviation navale de la région. Sa dissolution interviendra finalement en 1919.